Huyện Mường Khương theo truyền khẩu từ xưa có tên gọi là Mưng Khảng theo tiếng địa phương dịch sang tiếng phổ thông là Mường Gang. Quá trình biến đổi của thời gian tên gọi được biến âm đọc chệch đi là Mường Khương; đến thời Pháp thuộc danh xưng Mường Khương được gọi một cách thông dụng.

         Mường Khương cùng với địa bàn tỉnh Lào Cai, thời Vua Hùng dựng nước thuộc bộ Tân Hưng; thời Bắc thuộc đời nhà Đường thuộc đất của Châu Chu Quý và Châu Đan Đường; đến đời nhà Lý thuộc đất Đăng Châu; đời nhà Trần tiếp đến đời Nhà Nguyễn thuộc Châu Thuỷ Vĩ. Sau Thực dân Pháp đánh chiếm Lào Cai ngày 30/3/1886 Mường Khương và các đơn vị của tỉnh Lào Cai thuộc đạo quan binh IV. Vùng đất Mường Khương khi đó gọi là Động Sơn Yên.

         Ngày 12/7/1907, Toàn quyền Đông Dương ra Nghị định bãi bỏ đạo quan binh IV, tỉnh Lào Cai được thành lập và chuyển từ chế độ quân quản sang chế độ cai trị dân sự. Ngày 23/01/1909, toàn quyền Đông Dương A.KLOBUKOWSKI đã ký nghị định thành lập trung tâm hành chính ở Mường Khương. Lúc này tỉnh Lào Cai bao gồm phủ Bảo Thắng &Thủy Vỹ sáp nhập, phủ Phong Thổ và các châu: Sa Pa, Mường Khương, Bát Xát, Pakha (Bắc Hà). Như vậy, từ năm 1909, Mường Khương chính thức là một đơn vị hành chính trực thuộc tỉnh Lào Cai. 

        Tháng 11/1946 tỉnh Lào Cai được giải phóng khỏi ách Việt Nam Quốc dân Đảng, chính quyền của ta đổi tên từ Châu sang huyện, chia tỉnh Lào Cai thành 8 huyện, trong đó có huyện Mường Khương.Vùng đất Mường Khương được chia thành 24 xã, tên của các xã đó là: Thống Nhất, Đoàn Kết, Kiến Thiết, Quang Vinh, Hoà Bình, Chính Nghĩa, Ái Quốc, Nỗ Lực, Tiến Bộ, Dân Chủ, Cộng Hoà, Tiên Tiến, Thanh Bình, Phú Cường, Cứu Quốc, Chiến Thắng, Trung Thành, Đồng Tâm, Quyết Định, Tự Do, Hạnh Phúc, Độc Lập, Thắng Lợi, Thành Công.

         Năm 1959, ở Pha Long - Mường Khương, đã phát hiện Trống đồng có niên đại cách ngày nay 4.000 năm.

      Năm 1976 Quốc hội quyết định sát nhập 3 tỉnh Lào Cai, Yên Bái, Nghĩa Lộ thành tỉnh Hoàng Liên Sơn, Mường Khương thuộc tỉnh Hoàng Liên Sơn.

         Đến tháng 4/1980 Hội đồng Bộ trưởng quyết định chuyển 02 xã Bản Phiệt và Bản Cầm về huyện Bảo Thắng. Đồng thời sáp nhập và đổi tên một số xã thành 16 xã cho đến ngày nay. Được chia làm 4 khu vực: Khu vực vùng thấp gồm 03 xã: Bản Lầu, Bản Xen, Lùng Vai; khu vực vùng trung huyện gồm 5 xã: Mường Khương, Tung Chung Phố, Thanh Bình, Nấm Lư, Nậm Chảy; khu vực vùng cao gồm 4 xã: Cao Sơn, La Pán Tẩn, Tả Thàng, Lùng Khấu Nhin. Khu Pha Long gồm 4 xã: Pha Long, Dìn Chin, Tả Gia Khâu, Tả Ngài Chồ.

         Mường Khương là huyện vùng cao biên giới có vị trí quan trọng về quốc phòng - an ninh. Nhân dân các dân tộc có truyền thống đoàn kết đấu tranh chống giặc ngoại xâm. Từ khi có Đảng lãnh đạo, mà trực tiếp là Đảng bộ huyện Mường Khương (thành lập ngày 01/3/1950), truyền thống quý báu đó lại được nhân lên. Trong kháng chiến chống thực dân Pháp, tiễu Phỉ dưới sự lãnh đạo của Đảng bộ huyện, Nhân dân các dân tộc huyện Mường Khương anh dũng, kiên cường chiến đấu giải phóng  huyện Mường Khương vào ngày 11/11/1950. Đồng thời đóng góp sức người, sức của cho 02 cuộc kháng chiến chống Pháp, Mỹ và bảo vệ từng tấc đất Biên cương của Tổ Quốc Việt Nam XHCN, xây dựng quê hương ngày một giầu về kinh tế, mạnh về quốc phòng, an ninh. Với những thành tích đó huyện Mường Khương được Đảng, Nhà nước tặng danh hiệu cao quý "ANH HÙNG LỰC LƯỢNG VŨ TRANG NHÂN DÂN" và Huân chương Lao động hạng Nhì, hạng Ba.

         Trong giai đoạn phát triển mới, với tinh thần phát huy truyền thống, khai thác mọi tiềm năng, thế mạnh, Ban Chấp hành Đảng bộ huyện Mường Khương đã tập trung lãnh đạo, triển khai có hiệu quả các chủ trương, chính sách lớn của Trung ương, của Tỉnh; xây dựng và thực hiện các đề án phát triển kinh tế - xã hội với nhiều kết quả nổi bật: Tốc độ tăng trưởng kinh tế (GRDP) năm 2023 đạt 7,02%. Đẩy mạnh sản xuất nông nghiệp hàng hóa theo Nghị quyết 10 - NQ/TU; trồng mới 541/500 ha chè, bằng 108% KH; trồng rừng mới đạt 350/350 ha, bằng 100% KH. Sản xuất công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp ổn định; hoạt động thương mại, dịch vụ được duy trì, đảm bảo cung ứng hàng hóa cho Nhân dân; giải ngân vốn đầu tư xây dựng cơ bản được triển khai tích cực, đạt 100% KH; thu ngân sách Nhà nước trên địa bàn vượt kế hoạch giao. Các hoạt động văn hóa, giáo dục, y tế tiếp tục được quan tâm. Công tác khám chữa bệnh cho Nhân dân đạt 100% KH. Công tác an sinh xã hội, giải quyết chế độ, chính sách đảm bảo kịp thời; tạo được việc làm mới cho 1.250/1.250 lao động, bằng 100% KH; giảm tỷ lệ hộ nghèo đạt 6,55%, vượt so với NQĐH. Công tác cải cách hành chính được quan tâm triển khai thực hiện có hiệu quả. Quốc phòng, an ninh được đảm bảo, biên giới quốc gia được giữ vững; thế trận quốc phòng toàn dân kết hợp thế trận an ninh Nhân dân và thế trận Biên phòng toàn dân ngày càng được củng cố vững mạnh; xây dựng khu vực phòng thủ huyện vững chắc. Công tác đối ngoại được quan tâm đẩy mạnh và đạt được nhiều kết quả quan trọng; cấp ủy, chính quyền huyện đã thực hiện tốt đối ngoại đảng, ngoại giao nhà nước và đối ngoại Nhân dân; duy trì tốt quan hệ đối ngoại với hai huyện Hà Khẩu, Mã Quan tỉnh Vân Nam (Trung Quốc). Công tác xây dựng Đảng được đặc biệt quan tâm và đạt nhiều kết quả quan trọng. Bản lĩnh chính trị, phẩm chất đạo đức; năng lực lãnh đạo, sức chiến đấu của tổ chức cơ sở đảng và đảng viên được nâng lên đáp ứng các yêu cầu ngày càng cao của sự nghiệp đổi mới. Đến nay Đảng bộ huyện có 42 tổ chức cơ sở đảng gồm 20 đảng bộ và 22 chi bộ cơ sở; 243 chi bộ trực thuộc đảng ủy cơ sở với 3.792 đảng viên. Chính quyền các cấp hoạt động ngày càng hiệu lực, hiệu quả. Mặt trận Tổ quốc, các tổ chức đoàn thể chính trị - xã hội trong huyện được củng cố, kiện toàn, phát huy tốt vai trò tập hợp các lực lượng trong xã hội; khối đại đoàn kết toàn dân tộc không ngừng củng cố và tăng cường, tạo được sức mạnh tổng hợp trong thực hiện các mục tiêu phát triển của huyện, các phong trào thi đua yêu nước trên địa bàn. Việc thực hiện Nghị quyết Trung ương 4 (khóa XII, XIII) và thực hiện Chỉ thị 05 - CT/T, Kết luận số 01- KL/TW của Bộ Chính trị được Nhân dân đồng tình ủng hộ, từng bước đi vào chiều sâu, đem lại hiệu quả thiết thực.